微生物组学全自动分析工作流及交互式平台

基本信息

案例ID:144637

技术顾问:Sun - 1年经验 - 上海交通大学附属上海市第六人民医院

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项目名称:微生物组学全自动分析工作流及交互式平台

所属行业:医疗健康 - 专业细分服务

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案例介绍

基于Docker容器技术构建了微生物组学全自动分析工作流及可视化交互平台。将全宏基因组鸟枪(WMS)数据和16S 核糖体RNA(16S rRNA)数据的多个指标和分析方法整合成一套统一、规范的分析工作流( pipeline ),并将pipeline封装至Docker容器内部; 在Linux开发环境下,采用LAMP架构进行了Web开发:使用HTML5+CSS3+JavaScript、ajax等构建软件Web前端模块;使用php进行Web后端开发,并调用shell 脚本执行Docker容器内部R、 python等分析脚本;使用MySQL进行数据库开发;使用Apache服务器进行网站部署;

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